A esta situación, se suman los escapes de salmones desde las balsas jaulas en las cuales son criados. Al ser el salmón una especie carnívora e introducida en el país, generan efectos adversos para los ecosistemas marinos:

Depredación sobre especies nativas, incluyendo algunas de gran importancia para la pesca artesanal.
Competencia por hábitat con especies nativas.
Transmisión de parásitos a especies nativas.

Frente a este escenario, se ha propuesto endurecer la regulación a la industria salmonera y sus medidas sanitarias, frenar el excesivo uso de antibióticos y restringir las relocalizaciones de las balsas jaulas, para que ciertos hábitats sigan libres de esta actividad económica.