Su área costera, compuesta básicamente de fiordos y canales, sirve de hábitat para una gran cantidad de especies que le han dado a esta zona una gran una fama mundial. Sin embargo, tanto el hábitat de la Patagonia como sus comunidades, se enfrentan a la amenaza de la creciente industria salmonera, la cual intenta expandirse al sur del país para acceder a aguas más limpias y frías. 

(La Reserva Nacional de Las Guaitecas, en la región de Aysén, es una de las más antiguas del país y que destaca gracias a la presencia de lobos marinos, delfines y ballenas azules. Sin embargo, es una de las zonas afectada por la industria salmonera y sus intenciones expansivas. En este lugar, la Subsecretaría de Pesca propuso establecer 35 nuevas áreas aptas para la acuicultura. De concretarse esto, se instalarían concesiones salmoneras en una zona ya protegida y que tiene un alto valor para la biodiversidad marina).