El crecimiento de la salmonicultura chilena trajo aparejado el incremento del uso de antibióticos que, al ser usados en grandes cantidades, acarrean graves amenazas a la salud humana y al medio ambiente marino.

Un informe del Gobierno obtenido por Oceana el año 2009, reveló que Chile usó 385.635 kilos de antibióticos el 2007, año de mayor producción del sector, y 325.616 kilos el 2008. A modo de comparación, en Noruega el año 2007 se usó cerca de 600 kilos de antibióticos para producir una cantidad de salmón similar a la que logró Chile ese año.

Alrededor de un tercio de los antibióticos usados en salmonicultura el 2007 eran parte de la familia de las quinolonas, cuyo uso no está permitido en países destinatarios del salmón chileno, como Estados Unidos, dada la especial capacidad de estos químicos de generar resistencia bacteriana. La generación de bacterias resistentes  a los antibióticos implica que ante ciertas enfermedades dejaremos de contar con tratamientos antibióticos efectivos, generándose un problema sanitario mayor que puede afectar no sólo la salud de estos mismos peces, sino también de los seres humanos que los consumen.

La ley chilena aún admite el uso veterinario de quinolonas, a pesar de la recomendaciones hechas por la Organización Mundial de la Salud (OMS), la Organización para la Alimentación y la Agricultura (FAO) y la Organización Mundial de Sanidad Animal (OIE), de usar los antibióticos del tipo quinolonas sólo en seres humanos para resguardar su efectividad e importancia para la salud pública.